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Technical articles賽默飛(Thermo Fisher)實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀是現代分子生物學(xué)中常用的分析工具之一,其廣泛應用于基因表達分析、病原檢測、突變檢測等研究領(lǐng)域。特別是其7500型實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀(Applied Biosystems 7500 Real-Time PCR System),以其精確的溫控系統、靈敏的熒光信號檢測能力、以及用戶(hù)友好的操作界面,成為許多實(shí)驗室的設備。以下是關(guān)于7500型實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀的詳細使用步驟和原理說(shuō)明。
實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qPCR)是一種高靈敏度的基因擴增技術(shù),通過(guò)熒光信號監測PCR反應過(guò)程中的DNA擴增。其基本原理是在PCR反應中加入帶有熒光標簽的探針或染料,通過(guò)實(shí)時(shí)檢測熒光信號的變化,推測出目標DNA的初始數量。與傳統PCR不同,實(shí)時(shí)PCR能夠在PCR擴增過(guò)程中實(shí)時(shí)監測產(chǎn)物的數量,因此可以獲得更為精準的定量數據。
賽默飛7500型PCR儀采用先進(jìn)的光學(xué)檢測系統和精密的溫控系統,能夠提供高度精確的實(shí)驗數據。其主要特點(diǎn)包括:
多通道熒光檢測:7500型儀器具有多達6個(gè)熒光通道,支持不同熒光探針或染料的同時(shí)檢測,適用于多重PCR反應。
高效的熱循環(huán)系統:儀器采用精密的熱循環(huán)技術(shù),溫控精度和均勻性較高,能夠確保擴增反應的高效進(jìn)行。
用戶(hù)友好的操作界面:7500型PCR儀配備大尺寸觸摸屏,操作界面直觀(guān),支持數據實(shí)時(shí)顯示、分析與報告生成。
在使用7500型實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀之前,首先需要完成設備的安裝和調試工作。這些步驟包括:
位置選擇:選擇一個(gè)穩定、無(wú)強電磁干擾和溫度波動(dòng)的地方來(lái)放置PCR儀器。避免直射陽(yáng)光和震動(dòng),確保設備的穩定性。
設備連接:連接電源線(xiàn)、計算機(如果需要)和網(wǎng)絡(luò )(如有需要)。確保所有連接無(wú)松動(dòng)。
打開(kāi)設備電源,設備會(huì )自動(dòng)進(jìn)行自檢。此過(guò)程是為了確保硬件系統的正常運作,檢查如熱循環(huán)系統、熒光檢測系統等關(guān)鍵部件。
檢查液晶屏是否正常顯示,儀器是否能夠順利進(jìn)入操作界面。
DNA模板:提取所需的DNA模板,通常需要在PCR前進(jìn)行核酸純化,確保模板的純度和濃度適合實(shí)驗要求。
引物和探針:根據實(shí)驗目的設計特異性的引物和探針。設計時(shí)需注意引物的長(cháng)度、GC含量、退火溫度等因素,以確保引物的特異性和擴增效率。
PCR反應混合物:PCR反應體系一般包括模板DNA、引物、探針、熒光染料(如SYBR Green或TaqMan探針)、PCR緩沖液、dNTPs、DNA聚合酶等。需要根據具體的實(shí)驗要求調整反應體系的組成。
按照試劑盒說(shuō)明書(shū)或實(shí)驗設計配制PCR反應液,保證每個(gè)反應孔中加入合適量的反應液和模板。
一般來(lái)說(shuō),反應液的總量可以根據實(shí)驗設計設置,通常每個(gè)反應孔的體積為20-50 μL。
將配制好的反應混合物和模板按實(shí)驗設計分配到PCR板的各個(gè)孔中。確保每個(gè)孔的液體量一致,并且避免產(chǎn)生氣泡。
樣品加載完成后,使用PCR板封膜,確保密封良好。
在7500型PCR儀的觸摸屏上,選擇“新建實(shí)驗"選項。根據實(shí)驗的要求設置反應條件,如擴增循環(huán)數、退火溫度、熒光通道等。
選擇合適的PCR反應體系類(lèi)型,例如SYBR Green染料體系或TaqMan探針體系。
熱啟動(dòng):大多數PCR反應體系需要在初始階段進(jìn)行熱啟動(dòng),以激活DNA聚合酶,避免非特異性擴增。
擴增程序:設置適合的擴增程序,通常包括變性、退火、延伸三個(gè)步驟。對于SYBR Green染料體系,通常需要一個(gè)較長(cháng)的退火/延伸時(shí)間來(lái)確保信號的準確檢測。
數據采集:在每個(gè)擴增循環(huán)結束時(shí),選擇熒光信號采集時(shí)間點(diǎn)。一般來(lái)說(shuō),實(shí)時(shí)PCR儀會(huì )在延伸步驟后進(jìn)行熒光數據的采集。
在確認所有參數設置無(wú)誤后,點(diǎn)擊“開(kāi)始"啟動(dòng)PCR實(shí)驗。儀器將根據設置的程序自動(dòng)進(jìn)行反應。
在實(shí)驗過(guò)程中,7500型PCR儀會(huì )實(shí)時(shí)顯示擴增曲線(xiàn)和熒光數據。用戶(hù)可以隨時(shí)查看實(shí)驗進(jìn)度和熒光信號變化。
在PCR反應過(guò)程中,隨著(zhù)擴增產(chǎn)物的增加,熒光信號逐漸增強。通過(guò)熒光信號的閾值設置,可以確定擴增的起始點(diǎn)(Ct值)。
Ct值分析:通過(guò)分析不同樣品的Ct值,可以確定目標基因的表達量或DNA的初始拷貝數。Ct值越小,表示樣品中目標基因的初始濃度越高。
標準曲線(xiàn):為了定量測定目標基因的相對或絕對表達量,可以使用已知濃度的標準品來(lái)建立標準曲線(xiàn),并通過(guò)該曲線(xiàn)來(lái)計算樣品中目標基因的濃度。
相對定量分析:在基因表達分析中,通常采用2-ΔΔCt法進(jìn)行相對定量分析。通過(guò)比較實(shí)驗組和對照組的Ct值,可以得出目標基因在不同樣本中的相對表達水平。
實(shí)驗完成后,用戶(hù)可以通過(guò)設備的分析軟件導出實(shí)驗數據并生成報告。報告中包含擴增曲線(xiàn)、Ct值、標準曲線(xiàn)等相關(guān)數據。
模板質(zhì)量:模板的質(zhì)量直接影響PCR的結果,應確保模板無(wú)污染且濃度適中。
引物設計:引物設計不合理可能導致擴增失敗或非特異性擴增,因此設計時(shí)要保證引物的特異性和二聚體形成的最小化。
反應體系:PCR反應體系需要根據試劑和樣品的具體情況進(jìn)行優(yōu)化,以提高擴增效率和信號的靈敏度。
無(wú)擴增或擴增信號弱:可能是模板量不足、引物設計不合理、PCR條件設置不當等問(wèn)題導致。應檢查模板質(zhì)量、引物特異性及PCR程序設置。
非特異性擴增:可以通過(guò)優(yōu)化引物退火溫度或使用特異性更強的探針來(lái)避免非特異性擴增。
熒光信號偏低:可能是染料添加量不足、熱循環(huán)條件不合適等原因導致。檢查熒光染料的濃度和PCR反應條件。
賽默飛7500型實(shí)時(shí)熒光定量PCR儀以其高精度的溫控系統和靈敏的熒光檢測能力,廣泛應用于基因表達分析、病原檢測、基因變異分析等研究領(lǐng)域。通過(guò)優(yōu)化實(shí)驗條件和合理設計反應體系,研究人員可以獲得高質(zhì)量的定量PCR數據。